PCR testovi: Šta je CT-vrednost i kako se tumači?

PCR-metodomodređuje se da li je neko pozitivan ili negativan na koronavirus. No, CT-vrednost takođe igra važnu ulogu. Šta CT-vrednost zapravo kaže o stepenu zaraze ali i o samom toku bolesti?

CT-vrednost je oznaka, povezana sa testom na koronu. U osnovi, ona pokazuje količinu virusa u uzorku koji je dobijen brisom. Stručnjaci raspravljaju o tome šta bi to moglo značiti u pogledu stepena infektivnosti (zaraznosti) pacijenta i toka bolesti.

To nije lako: da bismo zaista razumeli šta ova vrednost znači, moramo detaljnije pogledati postupak koji se primjenjuje u PCR-testu.

Kako funkcioniše PCR?

PCR-test se smatra najpouzdanijim načinom za otkrivanje infekcije koronavirusom. PCR je skraćenica za „Polymerase Chain Reaction" - polimeraznu lančanu reakciju. To je molekularno-biološki proces, koji se koristi za kopiranje delova DNK pomoću njenog enzima polimeraze i kasniju analizu.

Očišćeni genetski materijal stavlja se u plastičnu epruvetu sa raznim enzimima i DNK-komponentama: to se naziva PCR-pristup ili PCR-metoda. Epruveta se potom stavlja u „thermocycler" - što je u osnovi kombinacija šporeta i frižidera. Ovaj uređaj može podizati temperaturu u epruveti, onako kako je prethodno programiran. To je važno jer se kopiranje delova DNK sastoji od različitih koraka, od kojih se svaki odvija na različitim temperaturama i ponavlja u ciklusima.

Dvostruki lanac DNA se više puta odvaja i dopunjava tako da se DNK udvostručuje u svakom ciklusu. To je manje više sve što se događa tokom normalnog PCR-procesa.

Koje su posebne karakteristike korona-PCR-a?

Korona virus nema DNK, već RNK. Ali to nije problem, jer postoje enzimi koji RNK prepisuju odnosno pretvaraju u DNK. To se dešava u jednom koraku, pre nego što počne PCR. PCR-testovi, u kojima se RNA transkribujea u DNK, nazivaju se RT-PCR. Oznaka RT znači „Enzym Reverse Transcriptas", dakle enzim koji RNK pretvara u DNK.

Korona test ima još jednu posebnost. Uobičajeni PCR jednostavno duplicira DNK, a genetski materijal se analizira nakon PCR-a. Za razliku od njega, korona-PCR sadrži fluorescentne sonde. Ove sonde su usmerene na određeni ciljni gen u virusu. Tek kad se sonda veže za ciljni gen, počinje da svetli.

Ovaj sjaj se može izmeriti fotometrom u termičkom ciklusu i očitati na kompjuteru. Na taj način tokom PCR-a možete videti da li su geni virusa prisutni u uzorku. To se može videti u stvarnom vremenu. Zbog toga se ovaj oblik PCR-a naziva „real time PCR".

Koliko su pouzdani ovi testovi?

Tačnost PCR testa u Nemačkoj je vrlo visoka. Infekcije se otkrivaju u 98 posto slučajeva. Da bi bili dvostruko sigurniji, većina uzoraka takođe se ispituje sa dva različita ciljna gena, odnosno dve različite fluorescentne sonde.

Real time PCR (oznaka za real time je q ili r na primjer, RT-qPCR, ponekad i qRT-PCR) je standardni alat za dijagnostikovanje virusa. Koristi se na primer i za testiranje donirane krvi na viruse HIV-a ili hepatitisa.

Šta je CT?

CT je oznaka za Cycle Threshold, kojim se opisuje broj ciklusa u kojima je izveden real time PCR, pre nego što se meri fluorescencija. Taj proces traje duže, što je manje genoma virusa u plastičnoj epruveti na početku PCR-a.

Visoka CT vrednost stoga ukazuje na nisko virusno opterećenje uzorka. Nažalost, visoka vrednost CT-a ne znači direktno nizak rizik od infekcije drugih ljudi. To je zbog različitih faktora koje ćemo ovde navesti.

Problem sa standardom

Ne postoji jedinstvena, standardizovana vrednost CT-, kojom se osoba koja je pozitivno testirana, više ne smatra infektivnom. Jedan od razloga je taj što postoji mnogo različitih testova koji su usmereni na različite ciljne gene i čije se PCR-metode pomalo razlikuje. Time se takođe pravi razlika po pitanju koja količina virusa dovodi do određene vrednosti CT-a.

Studije Instituta Robert Koh pokazale su da se korona virusi sa CT-vrednošću 30 više ne mogu reprodukovati u laboratoriji. Ovo takođe govori da ne postoji rizik da se zarazite od osobe od koje potiče uzorak dat na analizu. Studije u Velikoj Britaniji pokazale su, međutim, da se čak i sa CT-vrednošću većom od 35, osam posto uzoraka u laboratoriji i dalje može reprodukovati. To znači da bi osobe sa tom CT-vrednošću i dalje mogle biti zarazne.

Zanimljivo je da čak i isti test može dati različite rezultate u različitim laboratorijama. Dakle, ne postoji jasna CT-vrednost iz koje se može izvući zaključak da je osoba pozitivna na koronu, ali ne i zarazna.

Pogotovo na početku bolesti izazvane koronom, virusno opterećenje osobe i dalje može biti vrlo malo. Svako, ko na početku infekcije napravi test koji ima visoku CT-vrednost, nekoliko dana kasnije može biti jako zarazan. Rezultat PCR-testa stoga treba uvek posmatrati zajedno s mogućim simptomima. Kontakti sa ljudima koji su više izloženi riziku zaraze ili boravak u rizičnim područjima takođe igraju ulogu u tumačenju testa.

Visoka CT-vrednost znači da je ispitivani uzorak sadržavao malo virusa. Međutim, to ne znači da sam pacijent ima nisko virusno opterećenje. Mnogi faktori mogu uticati na količinu virusa u uzorku. Na primer, kako je uzet bris, koliko je uzeto uzoraka, kako je uzorak sačuvan i transpovan. Postoje i fluktuacije u zavisnosti od toga sa kojeg mesta u nosu i ustima je uzet bris.

Zaključak: Vrednost CT-a ne govori ništa pouzdano o tome koliko je neko zarazan. Međutim, važan je pokazatelj u tretnutku kada lekar tumači nalaze.

Čitajte nas i preko DW-aplikacije za Android