Volker Wagener beschäftigt sich überwiegend mit Südosteuropa, insbesondere mit Blick auf die Westbalkan-Länder. Immer wieder schreibt er auch Beiträge zu gesellschaftlichen und historischen Themen.
Volker Wagener kam 1989 zu Deutsche Welle (DW). Nach einem Zwischenspiel als Politik-Redakteur bei Deutschlandfunkwar er fünf Jahre lang Leiter des damaligen Kroatischen Programms der DW, dann Landeskorrespondent für Nordrhein-Westfalen von Deutschland Radio.
Ab 2007 arbeitete er in unterschiedlicher Funktion im deutschen Programm von DW, u.a. als stellvertretender Leiter der damaligen Zentralen Programmredaktion. Von 2019 bis Ende März 2024 war er verantwortlich für die DW-Sprachen Kroatisch, Bosnisch, Serbisch.